Le lac est un site d’alimentation pour Crabier blanc (Ardeola idae), espèce endémique de la région de Madagascar. L’oiseau fréquente la mangrove pour se reproduire et utilise les principales zones humides, comme le lac Karihani, pour se nourrir. L’effectif maximal observé sur place est de 112 oiseaux en 2013.

Profitant de la proximité de la forêt de Sohoa et de la présence de quelques arbres hauts autour du lac, il est parfois possible d’observer des oiseaux typiquement forestiers comme le Pigeon des Comores (Columba polleni) et Founingo (Alectroenas sganzini) qui sont endémique de l’archipel des Comores.

On peut rencontrer également des batraciens et des reptiles. La Grenouille (Blommersia sp) et la Rainette (Boophis sp) sont tous les deux endémiques de Mayotte s’y reproduisent à chaque saison des pluies.
Deux serpents peuvent être observés sur place, la Couleuvre de Mayotte (Liophidium mayottensis) endémique et le Serpent des cocotiers (Lycodryas maculatus). Ils sont inoffensifs.

Tous ces animaux sont protégés à Mayotte, il est interdit de les chasser ou de les déranger.

On trouve également une flore remarquable sur le site, telle que le Nénuphar (Nymphea nouchali) qui pousse au milieu du plan d’eau. Très caractéristique, le (Lindernia rotondifolia), Tsihita fotoutrou (Cuscuta australis) se rencontrent sur les berges inondables. Un peu plus haut, une orchidée terrestre protégée (Nervilia bicarinata) s’est installée à l’intérieur d’un sous bois.
Le lac Karihani est l’un des sites naturels de Mayotte à forte valeur patrimoniale. Le Conseil départemental de Mayotte met tout en œuvre pour préserver ce patrimoine écologique pour que la génération future puisse en bénéficier.